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El compilador a bytecode de Rubinius convierte el código fuente a bytecode que la máquina virtual pueda ejecutar. Su uso es trata de una serie de etapas secuenciales de transformación y que la máquina virtual la entienda.
Cada una de estas etapas desacoplan el resto del proceso, sólo se espera una forma de entrada particular y se envía su salida a la siguiente. Como resultado, el proceso de compilación es muy configurable, y puede instrumentar simplemente cualquiera de las etapas.
Cada etapa del proceso recibe una entrada, se ejecuta el escenario, y pasa a la salida de la siguiente etapa del proceso. Las etapas por defecto, así como sus entradas y salidas, se ilustra a continuación.